La comptabilité de l'opération : une comptabilité séparée au niveau de l 'action sera tenue ou selon une codification comptable adéquate. Un système extra-comptable par enliassement des pièces justificatives.
Dans tous les cas, le rapprochement avec la comptabilité générale est nécessaire. Le système de suivi adopté (comptabilité séparée et/ou enliassement) doit donc faire référence aux écritures de la comptabilité générale de l'organisme.
Ces pièces seront conservées jusqu'à la date limite à laquelle sont susceptibles d'intervenir les contrôles, soit jusqu'à dix année après le dernier versement de l'aide communautaire.

La justification des dépenses :
 Modalités d'identification des dépenses directes de l'action
 Validité des pièces justificatives de ces dépenses
 Existence d'une clé de répartition des dépenses indirectes, transparente et contrôlable